衔接上季。忍者们离开神秘岛，但妮娅的水系元素突然失去了控制，在寻找问题之时，突然收到来自海底的一个能量波，于是闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿，里面生活着许多海怪（莫罗匹恩人），他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着，但是他的儿子卡尔玛却内心邪恶，他决定用两个护身符（风暴护身符和海浪护身符）来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”，来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了实现计划，害死了他的爸爸并嫁祸忍者，后得到两个护身符，唤醒了沃杰拉，水淹忍者城。忍者城居民的处境十分危险。本多玛击碎卡尔玛的权杖，卡尔玛失去对沃杰拉的控制，被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉，不顾自身与海洋融为了一体，最终打败了沃杰拉，妮雅将海水带出忍者城，自己也留在了海水中。
艾米莉·布朗特 约翰·卡拉辛斯基 伊恩·麦克莱恩 西尔维斯特·史泰龙 丹尼·德维托 雷文-西蒙尼 帕特里克·沃伯顿 塔拉·斯特朗 吉尔伯特·戈特弗雷德 詹姆斯·阿诺德·泰勒 凯文·格雷维奥斯 哈维·费斯特恩 凯莉·库柯
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